Так называемые глаголы-связки (или глагольные связки) в японском языке используются для связывания подлежащих - показывают, что X относится именно к Y, X является Y.

である (дэ ару)

Специальный глагол-связка である является объединением частицы творительного падежа で (дэ) и глагола ある (ару) - "быть, являться". На практике である фактически не используется, он заменяется своей сокращённой формой だ (да):

それはペン (сорэ ва пэн да) - Это является ручкой ("Это ручка")

だ располагается в конце предложения согласно традиционному порядку слов в предложении (субъект-объект-глагол).

である может связывать с предметом только свойства, атрибуты, но не действия. Для определения объекта и субъекта действия используются частицы.

食べて います けど, 犬は食べて いません。 [нэко ва уо о табэтэ имасу кэдо, ину ва табэтэ имасэн] - Кошка ест рыбу, но собака не ест.
けど (кэдо) - "но, однако"

В примере выше は (ва) указывают, что глагол "ест сейчас" (食べて います) относится к существительному "кошка" (猫), а глагол "сейчас не ест" (食べて いません) относится к слову "собака" (犬). Частица を (о) указывает что ест кошка (рыбу - 魚).

Вежливой формой である является であります (дэ аримасу). Отрицательные формы である и だ - じゃない (дзя най), でない (дэ най) и ではない (дэ ва най) (с добавлением усилительной частицы は (ва)). Отрицательные вежливые формы である - でありません (дэ аримасэн), じゃありません (дзя аримасэн) и ではありません (дэ ва аримасэн).

です (дэсу)

Связка です (дэсу) является сокращением вежливой формы であります (дэ аримасу) глагола である (дэ ару). Таким образом, です является вежливой формой だ (да).

それはペンです (сорэ ва пэн дэсу) - Это ручка

です, как и все вежливые формы остальных глаголов, ставится в самом конце предложения (но перед завершающими частицами) и не употребляется если в предложении уже есть глагол в вежливой форме.